Podczas hiszpańskiej wojny domowej pełnił służbę na południowym Morzu Śródziemnym, udzielając wsparcia stronie nacjonalistów. W sierpniu 1938 roku został okrętem flagowym 6 Flotylli, zastępując krążownik „Quarto”. We wrześniu tego roku, po przeklasyfikowaniu na niszczyciel, został przydzielony do 16. dywizjonu niszczycieli (squadriglia). W kwietniu 1939 roku wraz z 16. dywizjonem osłaniał włoską inwazję na Albanię. Między 2 stycznia a 31 marca 1940 roku „Pessagno” przeszedł w La Spezii drugą modernizację polepszającą stateczność.
II wojna światowa 1940–1941 W chwili przystąpienia Włoch do II wojny światowej „Emanuele Pessagno” wchodził w skład 16. dywizjonu niszczycieli, przydzielonego do 1. eskadry w Tarencie, wraz z „Nicoloso da Recco”, „Antoniotto Usodimare” i „Luca Tarigo”. Okręt brał udział w działaniach głównych sił floty przed pierwszym starciem morskim z Brytyjczykami, lecz razem ze swoim dywizjonem powrócił do bazy w Auguście rano 9 lipca celem uzupełnienia paliwa i nie uczestniczył w samej bitwie koło przylądka Stilo podaje mylnie w świetle dokładniejszych źródeł (), że „Pessagno” brał udział w bitwie koło Punta Stilo, stawiał zasłonę dymną i strzelał torpedy..