Warstwa rurek o grubości do 3 mm, jednobarwna, raczej woskowa, po wyschnięciu krucha, u starych okazów częściowo nasiąknięta żywiczną substancją. Cechy mikroskopowe System strzępkowy dimityczny. Strzępki generatywne ze sprzążkami, cienkościenne, o średnicy 3–6 µm, w tramie dominujące. Strzępki szkieletowe o średnicy 3–5 µm, w tramie w rozproszeniu, częstsze w kontekście, proste, bezbarwne, nieamyloidalne, grubościenne do litych. W hymenium brak cystyd i innych sterylnych elementów. Podstawki 15–20 × 4–5 µm, maczugowate z czterema sterygmami i sprzążką bazalną. Bazydiospory 4,5–6 × 2,5 µm, elipsoidalne, cienkościenne, szkliste, gładkie, nieamyloidalne, często z małymi, oleistymi inkluzjami. Gatunki podobne Jeżeli owocniki jamkówki bawełnianej mają ryzomorfy, wówczas makroskopowo są bardzo podobne do włóknicy sznurowatej (Fibroporia vaillantii). Jednak owocniki tego ostatniego gatunku mają o wiele bardziej miękką tkankę i nie są kruche i woskowo-żywiczne jak jamkówki bawełnianej. Ponadto włóknica sznurowata ma większe i szersze zarodniki.