William R. Cotton (ur. 1940) – amerykański fizyk atmosfery zajmujący się fizyką chmur, modelowaniem dynamiki mezoskalowej (dział ) oraz zmianami klimatu. Współtwórca jednego z pierwszych numerycznych modeli mezoskalowych atmosfery. Był profesorem na Wydziale Nauk Atmosferycznych Uniwersytetu Stanowego Kolorado.
thumb|Końcówki krawatów studentów Williama Cottona w jego gabinecie na Wydziale Nauk Atmosferycznych Uniwersytetu Stanu Kolorado
Życiorys Cotton zdobył licencjat z matematyki na Uniwersytecie Stanowym Nowego Jorku w Albany (SUNY) w 1964 roku, tytuł magistra z meteorologii na SUNY w 1966 roku oraz tytuł doktora w zakresie meteorologii na Uniwersytecie Stanowym Pensylwanii (PSU) w 1970 roku. Zaczął pracować na Wydziale Nauk Atmosferycznych Uniwersytetu Stanowego Kolorado w 1974 roku. Pracował nad obserwacjami i modelowaniem komputerowym chmur kłębiastych oraz burz, a także innych systemów chmur średniej skali przestrzennej. Pracował nad zastosowaniem Regionalnego Modelu Modelowania komputerowego do prognozowania Mezoskalowych Systemów Konwekcyjnych, dynamiki chmur burzowych, wpływu mikrofizyki chmur na dynamikę chmur. Pełnił funkcje w Laboratorium Meteorologii Eksperymentalnej (ERL) Narodowej Administracji Oceanicznej i Atmosferycznej w Coral Gables na Florydzie, gdzie został zatrudniony przez .