Podczas powrotu do zdrowia, Jonathan ponownie spotyka się z Eriną i razem poznają Willa A. Zeppeliego, człowieka, który zamierza zniszczyć kamienną maskę, po tym jak spowodowała śmierć jego ojca. Zeppeli uczy Jonathana, jak korzystać z nadnaturalnej energii wytwarzanej poprzez kontrolowane oddychanie, zwanej hamonem. Następnie Jonathan, Speedwagon i Zeppeli wyruszają do Wind Knights Lot, gdzie Dio tworzy armię zombie. Zeppeli zostaje śmiertelnie ranny, jednak zanim umiera, przekazuje Jonathowi resztki swojej mocy. Po wsparciu sojuszników Zeppeliego, Jonathan niszczy ciało Dio, wysyłając przez nie hamon, ale ten, aby przetrwać, odcina swoją głowę. Po tym Speedwagon niszczy kamienną maskę.
Jonathan bierze ślub z Eriną, a następnego dnia para wyrusza w podróż poślubną do Stanów Zjednoczonych. Jednak Dio, wciąż żywy, dostaje się na statek, planując przeszczepić swoją głowę na ciało Jonathana. Dio śmiertelnie rani Jonathana, ale ten, wykorzystując resztki swojej mocy, manipuluje ciało sługi Dio, Wang Chana, tak aby zablokował koło łopatkowe statku, powodując jego eksplozję. Jonathan umiera, trzymając głowę Dio w ramionach, podczas gdy Erina ucieka, ukrywając się w trumnie z uratowanym niemowlęciem jednej z pasażerek.