W 1862 decyzją władz instytut przeniesiono z Puław z powrotem do Warszawy i połączono z Instytutem Maryjskim (według innego źródła – Pensją Mariańską)Schiller 1994, s. 96., istniejącą w Warszawie od 1857 elitarną i bardzo drogą rządową szkołą żeńską dla dziewcząt z wyższych sferSchiller 1994, s. 94.. Efektem była m.in. zmiana nazwy placówki na Instytut Aleksandryjsko-Maryjski.
Szkoła, podlegająca Komisji Rządowej Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego, wprowadziła się do budynku przy ul. Wiejskiej, zajmowanego wcześniej przez zlikwidowany w 1862, w związku z reformą systemu edukacji w Królestwie Polskim, Instytut Szlachecki. Jednopiętrowy budynek zaplanowany na rzucie litery „T” został wzniesiony w latach 1851–1853 w stylu klasycystycznym według projektu Antoniego Sulimowskiego i Bolesława Podczaszyńskiego. Cechą charakterystyczną jego korpusu głównego był dwugłowy orzeł w koronie ustawiony na płaskim tympanonie. W budynku mieściły się m.in. klasy szkolne, sale rekreacyjne, sala gimnastyczna, małe muzeum, małe obserwatorium astronomiczne i dwie kaplice, prawosławna i katolicka. Jedno skrzydło budynku zajmowała reprezentacyjna, dwukondygnacyjna sala o podwójnej funkcji: jadalni oraz miejsca uroczystości szkolnych;