W grudniu 2011 roku Wojciech Rodek został mianowany dyrektorem artystycznym Filharmonii Lubelskiej. W trakcie dziesięciu lat sprawowania swojej funkcji nagrał on z orkiestrą 5 płyt, a także udał się na tournée do Stanów Zjednoczonych. Zakończył swoją kadencję we wrześniu 2022, jednak pozostał na stanowisku I dyrygenta orkiestry. W grudniu 2022 roku został dyscyplinarnie zwolniony przez nową dyrekcję. Po rozpatrzeniu sprawy Sąd Rejonowy w Lublinie uznał rozwiązanie stosunku pracy za niezgodne z prawem i nakazał przywrócenie go do pracy na zajmowanym stanowisku. W styczniu 2025 roku ostatecznie zawarta została ugoda, na podstawie której Wojciech Rodek zakończył z nią współpracę.
1 czerwca 2025 roku minister kultury i dziedzictwa narodowego Hanna Wróblewska powołała go na stanowisko pełniącego obowiązki dyrektora Polskiej Orkiestry Sinfonia Iuventus im. Jerzego Semkowa, a 1 września tego samego roku – powołała na stanowisko dyrektora.