Historia thumb|250px|Monika Brodka na Festiwalu Polskim w Japonii Pierwszym Polakiem, który przybył do Japonii, był jezuita Wojciech Męciński, który w 1642 roku dotarł do portu w Kagoshimie, jednak jego wyprawa zakończyła się śmiercią za szerzenie obcej wiary. Drugim Polakiem przybyłym do Japonii był podróżnik i poszukiwacz przygód Maurycy Beniowski, który przybył statkiem do Japonii w 1771 r. po brawurowej ucieczce z rosyjskiego zesłania na Kamczatce. Był to również pierwszy polski statek, który dotarł do Japonii, płynąc pod polską banderą na przejętym rosyjskim galeocie. Ekspedycja Beniowskiego została ciepło przyjęta przez Japończyków, wymieniono również podarunki, a Beniowski, płynąc na południe, zatrzymał się na kilku japońskich wyspach.
Na początku XX wieku największe skupiska Polaków znajdowały się w prefekturze Karafuto, wielu Polaków wyemigrowało tam przed prześladowaniami ze strony sowieckiej Rosji. W 1924 roku Karafuto odwiedził polski ambasador w Japonii, Stanisław Patek, a wielu Polaków otrzymało polskie obywatelstwo i paszporty.