Okres II wojny światowej (1939–1945) mały|Albańczycy w obozie internowania w stanie Queensland Podczas II wojny światowej imigracja ustała. Społeczność albańska została przez władze australijskie uznana za wrogą (), stan ten utrzymał się do 1944 roku; Albańczyków przestano uważać za wrogów po zakończeniu niemieckiej okupacji kraju. Imigranci byli wówczas poddawani internowaniu, do czego wystarczyło samo podejrzenie o sympatyzowanie z ruchami faszystowskimi. W tym czasie internowano 84 Albańczyków z Queensland, ponadto około 400 Albańczyków zamieszkujących stan Wiktoria także internowano, następnie zesłano do prac m.in. na farmach. Represjom poddano przede wszystkim muzułmanów i w mniejszym stopniu katolików, obostrzenia nie dotyczyły wyznawców prawosławia.
Ponad 30 Albańczyków służyło w australijskim wojsku (m.in. w Royal Australian Air Force i ), uczestnicząc w wojnie na Pacyfiku; część z nich zginęła podczas działań wojennych lub jako jeńcy wojenni w japońskiej niewoli.