Działania odwrotowe z Wielkopolski 1 września 1939 5 batalion km i br. tow. organizował obronę na Kanale Morzysławskim na odcinku jezioro Wąsowskie-wieś Laskówiec. 3 września w godzinach popołudniowych batalion wyruszył w kierunku Koła, maszerował bocznymi drogami z uwagi na zatłoczenie głównych traktów oddziałami wojska i uchodźcami cywilnymi. Rano 4 września batalion stanął na odpoczynek w lesie na północ od wsi Chełmno, przy drodze Koło-Dąbie. Wieczorem przeszedł do wsi Lutomierów, gdzie podjął obronę linii Warty. 5 i 6 września przygotowywał obronę na linii rzeki Warty od Uniejowa do ujścia Neru do Warty. 5 września wszedł w skład Grupy Operacyjnej „Koło” i został przydzielony do dyspozycji dowódcy 17 DP. W nocy 6/7 września batalion otrzymał rozkaz marszu w kierunku Kutna, gdzie ruszył przez Barłogi, zatrzymał się rano 7 września w folwarku Ponętów na całodzienny odpoczynek. 7 września o godz.16.00 podjął dalszy marsz wraz z oddziałami 17 DP osiągając 8 września rano rejon Mazew, Zieleniew na południe od Krośniewic. Kolejnej nocy 8/9 września batalion przeszedł do Szamowa.