powstała wówczas m.in. gotycko-renesansowa fasada. Z poprzedniej świątyni zachowano jedynie jedną ścianę prezbiterium. W 1664 założono szkołę żeńską, a sześć lat później ukończono skrzydło wschodnie. Od 1714 roku ponownie wykładano tu teologię.
W 1773 roku zakon poddano kasacie, mimo to część byłych zakonników dalej posługiwała przy świątyni. W 1803 kościół został filią parafii św. Kastora. W 1891 dawne budynki oświatowe włączono w skład ratusza miejskiego. W 1919 wznowiono działalność jezuitów w Koblencji.
Świątynia została znacząco zniszczona podczas nalotu na miasto w 1944 roku. W latach 1947–1948 byłe budynki kolegium tymczasowo mieściły siedzibę Landtagu Nadrenii-Palatynatu. Fasadę kościoła odrestaurowano, a w latach 1958–1959 wzniesiono nową nawę wg projektu Dominikusa Böhma. W 2003 jezuici opuścili kompleks, a opiekę nad kościołem przejęli sercanie biali, którzy posługiwali przy nim do 2023 roku. W latach 2006–2007 przestrzeń naw bocznych rozbudowano na podstawie projektu Gottfrieda Böhma, syna Dominikusa.