Kształcił się w domu – ojciec udzielał mu lekcji w zakresie wszystkich przedmiotów gimnazjalnych.
W 1828 roku wyjechał na studia teologiczne na Uniwersytet w Halle, po drodze zatrzymując się we Frankfurcie nad Menem, gdzie sprzedał swoje zbiory roślin alpejskich Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung. Podczas studiów równolegle rozwijał zainteresowania przyrodnicze, odbywając wiele podróży studialnych, m.in. na północ Niemiec i w góry Harzu. W okresie tym nawiązał znajomość m.in. z niemieckim agronomem Carlem Sprenglem (1787–1859), entomologami Ernstem Friedrichem Germarem (1786–1853) i Hermannem Rudolfem Schaumem (1819–1865) oraz botanikiem Franzem Wilhelmem Junghuhnem (1809–1864).
W 1831 roku przyjął święcenia kapłańskie w Saint Gallen. W 1832 roku zamożny kupiec Heinrich Escher-Zollikofer (1776–1853) z Zurychu zlecił mu uporządkowanie swojej dużej kolekcji owadów. W tym samym czasie otrzymał posadę pastora w Schwanden. Wówczas jednak Heer zdecydował się poświęcić pracy przyrodnika i na lata związał się z Zurychem.