Kościół przez pierwsze niespełna 40 lat swego istnienia miał za patrona św. Jana i należał do parafii ewangelickiej (śląski ewangelicki Kościół unijny). Działania wojenne w roku 1945 spowodowały uszkodzenia szacowane na 45%; taki rozmiar zniszczeń budynku był w ówczesnym Wrocławiu uznawany za zdatny do odbudowy. W 1948 katolicy odkupili go od ewangelików. Odbudowa trwała do jesieni 1949. 4 września tego roku ksiądz infułat Karol Milik mógł dokonać poświęcenia pod nowym patronem. Dziesięć lat później zakończono odbudowę znacznie bardziej zniszczonej (ok. 80%) plebanii przy tym kościele.
Wyposażenie W kościele znajduje się obraz Matki Bożej Pocieszenia z Hodowicy, koronowany w 1932 r. przywieziony w XIX wieku z Moraw do parafii Hodowica koło Lwowa do tamtejszego unikatowego rokokowego kościoła Wszystkich Świętych z XVIII w. (obecnie w ruinie) projektu Bernarda Meretyna. Po II wojnie światowej uratowany przez Polaków z Kresowej pożogi, szczęśliwie znalazł się w kościele św. Augustyna.
Ambonę zaprojektował Theodor von Gosen, profesor rzeźby Państwowej Akademii Sztuki i Rzemiosła Artystycznego we Wrocławiu.