Wniosek o rejestrację MKS został złożony 17 grudnia 1989. Sąd Wojewódzki w Warszawie zaakceptował go 23 stycznia 1990 i zdecydował o wpisaniu MKS do sądowego rejestru stowarzyszeń. Tego samego dnia, po wyjściu z sądu, kilkudziesięciu członków i sympatyków MKS postanowiło wsprzeć kolegów z NZS w okupacji budynku Zarządu Głównego ZSMP przy ul. Smolnej. Emkaesowcy zabarykadowali się w pokoju ówczesnego przewodniczącego Związku. Protest dotyczył majątku, w tym także nieruchomości, jaki zgromadziły komunistyczne organizacje młodzieżowe. Po zmroku członkowie MKS zrezygnowali z okupacji obiektu.
Od 23 grudnia 1989 trwała w Warszawie akcja dla Rumunii, zorganizowana przez Komitet Helsiński w Polsce, NZS i MKS. Do 7 stycznia 1990 zebrano w jej ramach około 140 mln zł, 5 tys. dolarów i kilkadziesiąt tysięcy lei; do Rumunii wyjechało kilka wagonów i ciężarówek z darami. Członkowie MKS i NZS podczas świąt Bożego Narodzenia w 1989 pikietowali ambasadę Rumunii w Warszawie.