Doprowadził do powstania nowej szkoły dla nauczycieli, a zarazem podwyższył ich wynagrodzenia. W 1884 objął kierownictwo resortu spraw wewnętrznych w rządzie Milutina Garašanina. Konflikt z premierem dotyczący zmian w konstytucji doprowadził rok później do dymisji Novakovicia. W 1886 wyjechał do Konstantynopola, gdzie kierował poselstwem Serbii, w kolejnych latach kierował poselstwami w Paryżu i w Sankt Petersburgu. W 1895 po raz pierwszy objął urząd premiera, ale jego rząd upadł po kilku miesiącach. Po raz kolejny stanął na czele rządu w okresie kryzysu politycznego w roku 1909. W latach 1912–1913 kierował delegacją serbską w czasie obrad konferencji londyńskiej, po zakończeniu I wojny bałkańskiej.
Działalność naukowa Nowaković został w 1865 członkiem Serbskiego Towarzystwa Naukowego, a od 1887 zasiadał w Serbskiej Akademii Królewskiej. W latach 1906–1915 kierował pracami Akademii. Był także członkiem Rosyjskiej Akademii Nauk.