Po zwolnieniu z internowania wstąpił na kurs wyszkolenia piechoty nr 4 w Zegrzu, następnie w Ostrowi. Kursy doprowadziły do sformowania w dniu 1 maja 1918 1 pułku piechoty Polskiej Siły Zbrojnej.
W listopadzie 1918 1 pułk piechoty wziął udział w rozbrojeniu oddziałów niemieckich w Warszawie, Ostrowi i Małkini. Podczas reorganizacji WP po odzyskaniu niepodległości, nazwa pułku została zmieniona na 7 Pułk Piechoty Legionów. Z III batalionem 7 Pułku Józef Janiszewski brał udział w odparciu ataku wojsk czeskich na Śląsk Cieszyński. Następnie uczestniczy w ofensywie skierowanej przeciw wojskom ukraińskim w Galicji Wschodniej. W sierpniu 1919 pułk zostaje przemieszczony na północ i uczestniczy w walkach nad Dźwiną i zdobyciu Dyneburga. Jako adiutant batalionu Józef Janiszewski walczył w kontrofensywie majowej Frontu Litewsko-Białoruskiego nad Berezyną. W czerwcu 1920 pułk został przeniesiony na front południowo-wschodni (okolice Równego) w celu opóźnienie ofensywy armii konnej Budionnego. W sierpniu 1920 plutonowy Józef Kalasanty Janiszewski zostaje skierowany do Wielkopolskiej Szkoły Podchorążych Piechoty w Bydgoszczy.