Na Zamkowej Górze i w ruinach Zamku Czorsztyn rośnie pszonak pieniński – gatunek, który w Polsce występuje wyłącznie w Pieninach i to w kilku tylko miejscach, a jego stanowiska na Górze Zamkowej są najliczniejsze. W Zamkowej Górze (a dokładniej w należącej do jej masywu skale Sobótka) znajduje się powstała wskutek erozyjnego działania wody Dunajca jaskinia Schronisko Czorsztyńskie (obecnie pod powierzchnią wody).
Zamkowa Góra od dawna dla geologów stanowiła obiekt badań naukowych. Interesowali się nią już członkowie cesarskiej wyprawy naukowej w 1751 r., a do tej pory powstała ogromna ilość opracowań naukowych na jej temat. Po raz pierwszy jej profil geologiczny opracował Ludwik Zejszner w 1832 r. Wody Jeziora Czorsztyńskiego zalały bardzo bogate w skamieniałości najwyższe wapienne formacje i ogniwa litostratygraficzne z przełomu jury i kredy. Całkowicie została zalana skałka Halka ze środkowojurajskimi wapieniami krynoidowymi i bulastymi formacji czorsztyńskiej, pochodzącymi z okresu od środkowej do późnej jury. Stefan Myczkowski i A.