Klub jedenastokrotnie uczestniczył w Pucharze Europy, debiutując w 1999 roku. W pierwszym sezonie klub zajął szóste miejsce w pucharze, a rok później – siódme. W 2001 roku zespół nie rywalizował w Pucharze Europy. Od 2002 roku zespół zajmował w rozgrywkach kolejno dziesiąte, jedenaste i szóste miejsce. W 2005 roku Tomsk-400 w składzie: Lewon Aronian, Wiktor Bołogan, Dmitrij Jakowienko, Władisław Tkaczow, Paweł Smirnow, Ernesto Inarkijew i Andriej Biełozierow, wygrał Puchar Europy. W rozgrywkach rosyjski zespół przegrał jedynie z Polonią Warszawa, wyprzedzając jednak w tabeli polski klub oraz NAO Chess Club stosunkiem małych punktów. Rok później nastąpiła skuteczna obrona tytułu. Zespół z Tomska wygrał pięć meczów oraz zremisował dwa i pokonał stosunkiem małych punktów Ładję Kazań oraz Urał Swierdłowskaja obłast. W 2007 roku zespół zajął trzecie miejsce, ulegając jedynie Magikowi Mérida oraz Urałowi Swierdłowskaja obłast.