Podczas powstania listopadowego w obawie przed rozruchami Senat zezwolił na utworzenie Gwardii Narodowej. Jej członkami byli zamożni kupcy, rękodzielnicy, właściciele domów i synowie bogatych kupców. Dowódcą został Józef Wodzicki. W 1831 roku stanowisko po nim objął Antoni Helcel.
Po wybuchu rewolucji krakowskiej 23 lutego 1846 roku krakowianie powołali tymczasowy rząd, a Józef Wodzicki został prezesem Komitetu Bezpieczeństwa.
Należał do loży masońskiej „Przesąd Zwyciężony”, a w 1815 roku został mistrzem.
Był znany i lubiany. Był uważany za jednego z najbogatszych obywateli miasta. Posiadał Prokocim z częścią Piasków oraz Kościelniki, a w 1826 roku odziedziczył po siostrze Tekli pałac Małachowskich.
Jako właściciel Prokocimia rozbudował pałac. W 1844 roku przekazał na użytek szkoły parafialnej pomieszczenie w budynkach dworskich. W 1844 roku przekazał Prokocim synowi Kazimierzowi Wodzickiemu.
Zmarł 14 czerwca 1847 roku. Pochowany 16 czerwca na Cmentarzu Rakowickim. Jak napisano w „Gazecie Krakowskiej” „mimo wątpliwej pogody, towarzyszyła zwłokom jego do