We wrześniu 1941 został kapelanem Legii Oficerskiej, w ramach której uczestniczył m.in. w nieudanej wyprawie do Tobruku. W marcu 1942 został zwolniony z wojska. Przybywszy do Jerozolimy, został szefem duszpasterstwa polskiej ludności cywilnej jako wikariusz patriarchy łacińskiego Jerozolimy. W ramach swojej działalności zorganizował 14 ośrodków duszpasterskich dla około 45 tys. Polaków przybyłych ze Związku Radzieckiego. Był również redaktorem wydawanego w Jerozolimie „Tygodnika Katolickiego”. Zaczął wówczas używać nazwiska dwuczłonowego – Pietruszka-Jabłonowski.
Działalność po II wojnie światowej Po II wojnie światowej pozostał w Jerozolimie, organizując opiekę nad mieszkającymi tam Polakami i polskimi pielgrzymami w Izraelu, Jordanii oraz innych państwach arabskich. Przyczynił się do odbudowy jako polskie sanktuarium narodowe III i IV Stacji Drogi Krzyżowej w Jerozolimie. W 1955 sąsiedztwie III stacji zorganizował muzeum biblijno-archeologiczne z 10 000 eksponatów, w tym polskich pamiątek z okresu II wojny światowej, takich jak polonika i dzieła polskich artystów.