Za morderstwo dokonane w afekcie król skazał Samuela na banicję.
Przebywał na wygnaniu w Siedmiogrodzie na dworze Stefana Batorego, z którym, nie bacząc na ciążący na nim wyrok, przyjechał do Rzeczypospolitej w roku 1576. Udał się na Sicz zaporoską, gdzie jako hetman kozacki wziął udział w wojnie z Rosją (1580). Spiskował z Habsburgami przeciwko królowi. Groził zamachem na króla Stefana Batorego. Za namową Habsburgów w lecie 1583 bez zgody króla wyprawił się na tereny tureckie, niszcząc przy okazji należące do Jana Zamoyskiego Jahorlik i Tiahiń. Spowodowało to pogorszenie stosunków z sułtanem Muradem III, który zagroził wojną, gdyby nie ukarano winnych. Gdy w końcu kwietnia 1584 Samuel Zborowski pociągnął zbrojnie do swej ukochanej siostrzenicy w Piekarach, nie kryjąc, że celem wyprawy jest Kraków, Jan Zamoyski wydał rozkaz egzekucji dekretu z 1574. Była to rzecz bez precedensu w dotychczasowej historii egzekucji prawa w Polsce szlacheckiej. 11 maja 1584 Samuel Zborowski został ujęty w Piekarach i osadzony jako niebezpieczny złoczyńca w wieży zamku na Wawelu. Egzekutorami rozkazu kanclerza Zamoyskiego byli ówczesny wojewodzic bełski Stanisław Żółkiewski i podstarości krakowski Wacław Urowiecki.