II wojna światowa mały|Pomnik upamiętniający mieszkańców, którzy w latach 1939–1959 zginęli, zostali wywiezieni lub zmuszeni do opuszczenia Ejszyszek i okolic We wrześniu 1941 r. małe miejscowe getto żydowskie zostało zlikwidowane przez kilkunastu Niemców i współpracujących z nimi litewskich szaulisów i policjantów (to właśnie szaulisi i policjanci byli bezpośrednimi wykonawcami likwidacji); ten sam oddział wymordował wcześniej ludność żydowską w Niemenczynie, Nowej Wilejce i Jaszunach. Z meldunku niemieckiego dowódcy grupy likwidacyjnej, kierowanej przez obersturmführera Gamanna wynika, że zamordowano wtedy 921 mężczyzn, 1851 kobiet i 814 dzieci. Pomordowanych zakopano w dołach na obrzeżach miasteczkawww.kresy.pl; Wileńskie panienki i zaścianki.
W 2005 roku amerykańska profesor żydowskiego pochodzenia Yaffa Eliach udzieliła gazecie The New York Times wywiadu, w którym twierdziła, że 19 października 1944 roku około godziny 23:00 w Ejszyszkach doszło do „pogromu ludności żydowskiej”, w wyniku którego miały zginąć dwie osoby pochodzenia żydowskiego (Cipora Sonenson i jej syn Chaim), a ona sama miała być naocznym świadkiem tych wydarzeń.