W sierpniu 1990 ukazała się powieść graficzna The Punisher: Kingdom Gone, do której stworzył scenariusz. Skłoniło go to do pracy nad miesięcznikiem „The Punisher War Journal”, a później nad innymi tytułami Punishera, a także zwróciła na niego uwagę redaktora DC Comics Dennisa O'Neila, który poprosił go i Toma Lyle'a o stworzenie miniserii Robina. Okazała się ona na tyle popularna, że doczekała się dwóch sequeli – The Joker's Wild (1991) i Cry of the Huntress (1992).
Chuck Dixon pisał scenariusze do Detective Comics od nr 644 (maj 1992) do nr 738 (listopad 1999). Pracował również nad serią Batman: Knightfall, Batman: KnightsEnd – przy których pomógł stworzyć kluczową postać Bane'a – a także Batman: Contagion, Batman: Legacy, Batman: Cataclysm i Batman: No Man's Land. Dixon i Lyle wspólnie stworzyli postać Electrocutionera w Detective Comics #644 (maj 1992) i Stephanie Brown w Detective Comics #647 (sierpień 1992). Dużą część jego późniejszych historii zilustrował Graham Nolan.