Jan Werner (ur. 25 lipca 1946 w Brzezinach, zm. 21 września 2014) – polski lekkoatleta, sprinter, zawodnik AZS Warszawa i Gwardii Warszawa, mistrz Europy i srebrny medalista olimpijski.
Osiągnięcia Trzykrotnie startował w igrzyskach olimpijskich. W Meksyku 1968 odpadł w półfinale biegu na 400 m, a w sztafecie 4 × 400 m zajął 4. miejsce (razem z Stanisławem Grędzińskim, Janem Balachowskim i Andrzejem Badeńskim).
W Monachium 1972 ponownie odpadł w półfinale biegu na 400 m, a w [sztafecie 4 × 400 m był piąty (razem ze Zbigniewem Jaremskim, Janem Balachowskim i Andrzejem Badeńskim).
Największe sukcesy odniósł w ostatnim starcie. W Montrealu 1976 dotarł do finału na 400 m, gdzie zajął 8. miejsce, a w sztafecie 4 × 400 m zdobył wraz z kolegami (Jerzy Pietrzyk, Ryszard Podlas i Zbigniew Jaremski) srebrny medal.