Kilka tygodni później duet nagrał remiks utworu „Harder, Better, Faster, Stronger” zespołu Daft Punk na potrzeby ich płyty z remiksami zatytułowanej Daft Club. thumb|Pharrell Williams w towarzystwie astronauty Lelanda Melvina podczas ceremonii wręczenia montażu Quincy Jonesowi, 2008 W marcu 2004 roku ukazał się drugi album studyjny formacji N.E.R.D pt. Fly or Die, na który Williams napisał część tekstów oraz został producentem całości. W tym samym roku wystąpił u boku Stinga, Dave’a Matthewsa i Vince’a Gilla podczas ceremonii wręczenia Nagród Grammy, grając na perkusji utwór „I Saw Her Standing There” z repertuaru grupy The Beatles. Podczas gali Williams otrzymał dwie statuetki, wygrywając w kategoriach Producent roku oraz Najlepszy popowy album wokalny (jako producent płyty Justified Justina Timberlake’a). Otrzymał także nominacje do nagrody w kategoriach Najlepsza rapowa/śpiewana współpraca (utwór „Frontin’” nagrany przy gościnnym udziale Jaya-Z) i Najlepsza rapowa piosenka („Excuse Me Miss” także z Jayem-Z). Oprócz tego wyprodukował drugi utwór dla Nelly’ego – „Flap Your Wings”.