Kościół parafialny spłonął w r. 1772, a nabożeństwa przeniesiono do dawnego kościoła Brygidek (skasowany dekretem cesarskim 24 czerwca 1782). Zniszczenia po pożarze rozpoczęto usuwać w kolejnym roku. W krótkim czasie po skasowaniu kościoła i klasztoru Brygidek sokalskich budynki otrzymała tutejsza parafia. Kościół wtedy poszerzono i ponownie konsekrowano w r. 1783. Dawny kościół parafialny stał się kaplicą pw. Św. Jana Chrzciciela. W 1870 roku w wyniku wielkiego pożaru klasztoru Bernardynów w Sokalu ogień przedostał się na drugą stronę Bugu i strawił kościół parafialny i klasztor pobrygidkowski, w którym mieściła się plebania. Spłonęło całe wyposażenie oprócz rzeźby Ukrzyżowanego z ołtarza bocznego. Kościół ucierpiał także znacznie podczas okupacji rosyjskiej podczas I wojny światowej, zarekwirowano dzwony, a remont kościoła wyceniono na kwotę 3000 koron. Kolejne 3000 koron miał kosztować remont kaplicy św. Jana Chrzciciela. Na prowadzenie większych prac nie było jednak funduszy. Dopiero w l. 1932-1935 zdecydowano się na poważny remont obejmujący poszerzenie kościoła o zaadaptowany na nawę ciąg południowych krużganków poklasztornych. Pomysł ten pochodził jeszcze z 1898 roku, ale wówczas nie było funduszy aby go zrealizować.