Na temat kościoła zachowało się niewiele informacji. Wiadomo, że grekokatolicy przejęli świątynię z pełnym wyposażeniem, a następnie przekształcili je. Pierwsze informacje o remoncie pochodzą w r. 1861, kiedy pokryto dachy białą blachą, a hełmy wież blachą miedzianą. W latach 1892–1893 zbudowano nowy ikonostas na wzór ikonostasu w katedrze w Przemyślu (dawnego kościoła Karmelitów Bosych). Kilka lat później, w r. 1900 świątynia została odnowiona, a polichromię wnętrza wykonał lwowski malarz Michajło Bojarski. Natomiast w r. 1906 w północno-wschodnim narożniku muru zbudowano nową dzwonnicę wg projektu architekta Filimona Lewickiego.
W wyniku działań Armii Czerwonej podczas szturmu na Bełz w lipcu 1944 roku uszkodzono zabudowania dawnego klasztoru dominikanek. Kościół został rekoncyliowany i w latach 1946–1951 ponownie funkcjonował jako kościół rzymskokatolicki. Wszystkie zabudowania po dominikankach były odnotowane w 1948 roku jako pozostające w bardzo dobrym stanie, odremontowane.