Flora thumb|Szuwar nad jednym z jezior (2014) Na terenie Hutovego blata wykazano występowanie ponad 700 gatunków roślin. Wyróżnić można cztery typy roślinności: wodną, bagienną, łąkową i leśną. Obszary wodne porastają hydrofity, takie jak grzybienie białe (Nymphaea alba), grążel żółty (Nuphar lutea), rdestnica (Potamogeton sp.) czy jaskier (Ranunculus sp.). Na bagnach, nad kanałami oraz nad rzekami Krupą i Bregavą występują szuwary: trzcinowy i wąskopałkowy. Na nieco wyżej położonych i suchszych terenach rośnie m.in. kłoć wiechowata (Cladium mariscus) i turzyca sztywna (Carex elata).
Tereny zalesione porastają drzewa, takie jak wiązowiec południowy (Celtis australis), chmielograb europejski (Ostrya carpinifolia) i jesion mannowy (Fraxinus ornus), krzewy, m.in. dereń jadalny (Cornus mas), dwukolczak śródziemnomorski (Paliurus spina-christi), granat właściwy (Punica granatum), ruszczyk kolczasty (Ruscus aculeatus) i Petteria ramentacea, natomiast w runie występują cząber górski (Satureja montana), (Helichrysum italicum) oraz szałwia lekarska (Salvia officinalis). Hutovo blato jest miejscem udanej restytucji (Fraxinus angustifolia), rosną tu również figowiec pospolity (Ficus carica), morwa biała (Morus alba) oraz wierzba biała (Salix alba) i purpurowa (S.