W 1602 roku Jan Szczęsny Herburt wystąpił do Kartuzów z propozycją fundacji klasztoru, która nie doszła do skutku ponieważ dwaj zakonnicy nie dojechali, ponieważ zmarli w drodze pod Przemyślem. Następnie zwrócono się do Generała Karmelitów o. Henryka Sylviusa, i 23 lipca 1603 roku bp Maciej Pstrokoński zezwolił na budowę klasztoru. W tym też roku przybyli do Sąsiadowic pierwsi karmelici: o. Bartłomiej Przeworski - pierwszy przeor, o. Franciszek z Soli i o. Andrzej Kocisz. Przy kościele zbudowano drewniane budynki klasztorne, których budowę nadzorował prowincjał o. Stanisław Gniewkowski. 27 stycznia 1605 roku papież Klemens VIII w brewe zarządził ustanowienie nowego klasztoru i przekazanie karmelitom kościoła św. Anny. W 1613 roku klasztor otoczono fosą i murem z czterema basztami.
W 1615 roku kościół parafialny św. Mikołaja został przez Tatarów częściowo nadpalony, a w 1624 roku spalony całkowicie.