W 1985 roku zbiory muzeum narodowego poważnie ucierpiały w wyniku zalania pomieszczeń magazynowych. W 1992 roku konstrukcja budynku została naruszona przez prace budowlane prowadzone na sąsiedniej posesji, w wyniku czego muzeum zostało zamknięte ze względów bezpieczeństwa, eksponaty zaś przeniesiono do wybudowanego rok wcześniej magazynu przy Messinastrasse w Triesen.
W 1994 roku filią muzeum narodowego stało się (pol. „Muzeum Życia Wiejskiego”) mieszczące się w drewnianym, wybudowanym w 1518 roku w miejscowości Schellenberg. W latach 1998–2003 siedziba muzeum przy 43 w Vaduz została wyremontowana i rozbudowana według projektu biura architektonicznego BBK Architekten AG. Oddany do użytku 28 lub 29 listopada 2003 roku trzyczęściowy kompleks budynków obejmuje dawną karczmę oraz dom administratora (), a także nowoczesną dobudówkę wbudowaną w strome zbocze wzniesienia zamkowego, która dzięki okładzinie z pełni również funkcję muru oporowego zabezpieczającego skarpę.
W 2006 roku w struktury Muzeum Narodowego Liechtensteinu włączono istniejące od 1930 roku muzeum pocztowe , natomiast w 2015 roku otwarto skarbiec książęcy .