Cracovia W lutym 2024 roku dołączył do Cracovii jako szef działu metodologii drużyn młodzieżowych, a od początku sezonu 2024/25 miał objąć kierownictwo drużyny rezerw. Jednak po zwolnieniu Jacka Zielińskiego po ligowym remisie 2:2 z ŁKS Łódź 5 kwietnia 2024 roku Kroczek awansował na stanowisko tymczasowego trenera do końca sezonu. Jego pierwszy mecz na boisku 14 kwietnia zakończył się zwycięstwem 3:1 na wyjeździe z liderem ekstraklasy Jagiellonią Białystok. 23 maja 2024 roku Kroczek podpisał kontrakt na pełnoetatowego szkoleniowca Cracovii do 30 czerwca 2025 roku z opcją przedłużenia o kolejny rok. 15 maja 2025 roku poinformowano, że z końcem sezonu 2024/2025 Kroczek przestanie pełnić funkcję pierwszego trenera Cracovii. Sezon 2024/2025 Cracovia pod wodzą Kroczka skończyła na 6. miejscu.
Raków Częstochowa 18 czerwca 2025 dołączył do Rakowa Częstochowa jako asystent trenera. Na stanowisku pracował do końca grudnia 2025, a następnie do czasu objęcia nowej funkcji pracował w dziale skautingowym klubu.
4 maja 2026 roku został pierwszym trenerem Rakowa Częstochowa, zastępując na stanowisku zwolnionego dzień wcześniej Łukasza Tomczyka.