zdobył w nim wystarczającą wiedzę, by leczyć lżejsze choroby. Pracując następnie pośród mieszkańców prowincji zdał sobie sprawę z niszczącego wpływu wywieranego na Filipiny przez hiszpański aparat kolonialny jak również przez sprzężone z nim najczęściej struktury Kościoła katolickiego. Wiedza ta legła u podstaw całej jego późniejszej działalności publicznej.
Podobnie jak wielu innych przedstawicieli ówczesnej filipińskiej elity intelektualnej był wolnomularzem. Szybko uzewnętrznił swe poglądy w silnie antyklerykalnych publikacjach, takich jak Fray Botod czy La Hija del Fraile. Spotkały się one z gniewnym i gwałtownym odzewem duchowieństwa katolickiego. Obawiając się wtrącenia do więzienia Lopez Jaena opuścił Filipiny i udał się, podobnie jak wielu krytyków rządu kolonialnego, do Hiszpanii. Na Półwyspie Iberyjskim szybko stał się jednym z głównych przedstawicieli ruchu na rzecz głębokich reform politycznych na Filipinach. Umiejętnie wykorzystywał hiszpańską prasę oraz swe zdolności krasomówcze. Należał do Circulo Hispano-Filipino skupiającego zarówno liberalnie nastawionych Hiszpanów jak i Filipińczyków. Znalazł się wśród założycieli powstałego w lutym 1889 w Barcelonie pisma La Solidaridad, głównego organu prasowego ruchu reformatorskiego. Został przy tym jego pierwszym redaktorem.