26 kwietnia 1944 roku Trybunał Ludowy w Berlinie orzekł, że Wilhelmina świadomie uczestniczyła w „nielegalnej polskiej organizacji szpiegowskiej” i ogłaszali wyrok: Wilhelmina Günther winna zdrady stanu! Kara śmierci oraz przepadek praw honorowych. Matka Wilhelminy z kolei została uniewinniona, trybunał uznał, że nie miała wiedzy o szpiegowskiej działalności córki. thumb|Ściana upamiętniająca ofiary nazizmu w Berlin-Plötzensee|234x234px
W piątek 9 czerwca 1944 roku o godz.13:02 w więzieniu w Berlin-Plötzensee pod nadzorem kierownika egzekucji Klüver kat Röttgera wykonał wyrok.
Z pisma do zarządu Trybunału Ludowego - stracona 9 czerwca 1944 Wilhelmine Günther pozostawiła w tutejszym więzieniu następujące rzeczy:1 płaszcz, 1 suknia, 1 biustonosz, 1 gorset, 7 ręczników, 1 pasek, 1 para butów, 1 para rajstop, 1 para rękawiczek, 2 szale, 1 kołnierzyk. Wcześniej do depozytu tutejszego więzienia przekazane zostało 35 Reichsmarek 57 fenigów jej własnych pieniędzy, 1 pióro wieczne, jak również 1 ołówek. Wilhelmina wyraziła przed śmiercią wolę, by spuściznę po niej przekazać jej matce.
Ciała Wilhelminy nie wydano rodzinie, jej ciało jak wiele innych ciał ściętych kobiet posłużyło do badań anatomicznych doktora Hermann Stievena. Wilhelmina była oznaczona na jego liście numerem 128.