W 1980 opublikował pracę Społeczeństwo otwartej rekrutacji, w 1982 książkę Struktura społeczna w doświadczeniu jednostki. Ta druga praca otrzymała w 1983 Nagrodę im. Ludwika Krzywickiego przyznawaną przez Wydział I Nauk Społecznych Polskiej Akademii Nauk, została jednak zaatakowana przez socjologów związanych z PZPR (na łamach Studiów Socjologicznych nazwano ją "skandalem wydawniczym"). Krytyka ta oraz problem z cenzurą spowodowały, że jego kolejna książka Perspektywy pluralizmu w upaństwowionym społeczeństwie ukazała się w 1986 w emigracyjnym wydawnictwie Aneks.
W 1987 otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego, w 1990 tytuł profesora zwyczajnego. W 1991 opublikował książkę Socjalistyczne "welfare state". Studium z psychologii społecznej Polski Ludowej. Wobec nasilającej się choroby w 1994 przeszedł na rentę.
Został pochowany na cmentarzu Bródnowskim w Warszawie (kwatera R 108 rząd 2 grób 11).
Dorobek Winicjusz Narojek publikował wyniki swoich badań i analiz w latach 1962-1995Majkowska- Sztange Antonina (1996), Bibliografia prac Winicjusza Narojka, w: Winicjusz Narojek. Jednostka wobec systemu.