Panganiban kontynuował swoją edukację już w Hiszpanii. Podjął studia na uniwersytecie w Barcelonie w 1888. Także podczas pobytu w metropolii związał się z ruchem na rzecz głębokich przemian politycznych na wciąż będących kolonialną posiadłością Hiszpanii Filipinach. Dołączył do będących częścią tego ruchu stowarzyszeń, takich jak Asociacion Hispano-Filipina oraz La Solidaridad. W rozległej działalności publicystycznej, którą wkrótce rozwinął skupiał się na problemach systemu edukacyjnego na Filipinach. Starał się także oddać w swoich tekstach filipińską mentalność oraz sposób myślenia, zwłaszcza w połączeniu z jej implikacjami dla kraju. Nazywano go z tego powodu obrońcą filipińskiego honoru. Jose Rizal, jeden z liderów ruchu na rzecz reform, współcześnie uznawany za najważniejszego filipińskiego bohatera narodowego z wielkim uznaniem wyrażał się o pisarstwie Panganibana. Niektóre z pozostawionych przezeń artykułów to El Pensamiento, La Universidad de Manila: Su Plan de Estudio oraz Los Nuevos Ayuntamientos de Filipinas.