Mimo zgłoszenia do Pucharu Europy w sezonie 1991/1992 CSKA nie przystąpił do rozgrywek. Zespół wziął natomiast udział w inauguracyjnym sezonie rosyjskiej Priemjer-Ligi w 1992 roku. Klub zajął wówczas trzecie miejsce, ulegając drużynie Petersburga oraz Chordzie Czelabińsk. W 1993 roku zespół ponownie zrezygnował z udziału w Pucharze Europy. W sezonie 1994 CSKA ponownie zajął trzecie miejsce w Priemjer-Lidze, za Kadyrem Ufa i Wektorem Nowosybirsk. W 1995 roku moskiewski klub był czwarty w lidze. Rywalizował także w Pucharze Europy. W fazie grupowej (gr. 4) klub wygrał z Merkurem Graz, ale przegrał z Erywaniem i Jedinstvem Stara Pazova, zajmując czwartą pozycję i nie awansując do rundy finałowej. Po 1995 roku CSKA Moskwa nie uczestniczył w żadnych rozgrywkach.
Zawodnicy Szachistami CSKA Moskwa byli m.in. Konstantin Asiejew, Władimir Bielikow, Aleksandr Chalifman, Andriej Charitonow, Walerij Czechow, Rustem Dautow, Aleksiej Driejew, Jefim Geller, Wasyl Iwanczuk, Igor Jagupow, Aleksiej Jermolinski, Leonid Jurtajew, Artur Jusupow, Siergiej