Jednym z większych starć z tamtego okresu z jego udziałem był atak na San Francisco de Malaban z 26 sierpnia 1897.
Powrót prezydenta Emilio Aguinaldo z wymuszonej przez porozumienie z Biyak-na-Bato emigracji politycznej w Hongkongu przyspieszył karierę San Miguela. Otrzymywał on funkcje dowódcze w Bulacanie, Morong, Batangas, Lagunie czy wreszcie w stołecznej Manili. Wszedł ponadto w skład gwardii honorowej przy głowie państwa. Zaczął być w owym czasie tytułowany generałem choć jeszcze takiego stopnia formalnie nie posiadał. Jego zdolności dowódcze przyniosły mu powszechne uznanie podczas wojny amerykańsko-filipińskiej. Otrzymał awans do stopnia generała brygady, został także wybrany w skład Kongresu z Malolos. Był w nim reprezentantem prowincji Negros Oriental.
Ostateczne pokonanie i rozbicie rewolucyjnych sił zbrojnych przez wojska amerykańskie skłoniło San Miguela do podjęcia próby wskrzeszenia Katipunanu w styczniu 1903. Po schwytaniu prezydenta Aguinaldo został mianowany najwyższym dowódcą wszystkich pozostałych jeszcze pod bronią oddziałów filipińskich.