Rezerwat obejmuje porastające wieczną zmarzlinę, rozległe podmokłe turzycowiska z różnymi gatunkami turzyc (Carex sp.), wełnianką wąskolistną (Eriophorum angustifolium) i trzcinnikiem prostym (Calamagrostis stricta) oraz nieco suchsze wrzosowiska z wierzbą zielną (Salix herbacea). Część obszaru stanowią morenowe żwirowiska oraz surowe pustkowia, na których rosną jedynie porosty i mchy, m.in. rzadki, odkryty na tym terenie w 2002 roku prątnik brandenburski (Bryum neodamense), a także (Micarea cinerea). Występują tu również jedne z największych w kraju torfowisk palsa. Teren rezerwatu przecinają rzeki i strumienie lodowcowe, liczne są także niewielkie stawy. Teren podmokły zasilają głównie wody powierzchniowe i podziemne przesiąkające z lodowca Hofsjökull, a w niewielkim stopniu również wody opadowe.
Klimat na obszarze rezerwatu jest chłodny i suchy. Średnia roczna temperatura wynosi ok. 0–2 °C, a roczną sumę opadów szacuje się na 600–1500 mm. Teren Guðlaugstungur cechuje się częstym występowaniem silnych wiatrów; dominują wiatry południowe i północne.