Faza pucharowa rozgrywek Ligi Konferencji UEFA 2024/2025 rozpoczęła się 13 lutego 2025 i zakończyła meczem finałowym, który odbył się na Stadionie Miejskim we Wrocławiu 28 maja 2025.
Format Każdy mecz w fazie pucharowej, poza finałem, rozgrywany jest w dwóch meczach, przy czym każda drużyna gra jeden mecz u siebie. Drużyna, która zdobędzie więcej bramek w obu meczach, przechodzi do następnej rundy. Jeśli wynik jest remisowy, rozgrywa się 30 minutową dogrywkę (zasada bramek na wyjeździe nie jest stosowana). Jeśli wynik jest nadal remisowy po zakończeniu dogrywki, zwycięzcę wyłania się w rzutach karnych. W finale, który rozgrywany jest jako pojedynczy mecz, jeśli wynik jest remisowy po zakończeniu regulaminowego czasu gry, rozgrywana jest dogrywka, a następnie, jeśli wynik jest nadal remisowy, rozgrywana jest seria rzutów karnych.
Procedura losowania W fazie pucharowej nie ma ochrony kraju, drużyny z tego samego związku mogą się ze sobą zmierzyć w dowolnej rundzie. Drużyny mogą również zmierzyć się z przeciwnikami, z którymi grały w fazie ligowej.
Mechanizm losowania w każdej rundzie wygląda następująco: