Po raz pierwszy został objęty ochroną w 1981 roku, a następnie w latach 1987 i 2017.
Do głównych zagrożeń dla występujących tu ekosystemów zalicza się nadmierną erozję wodną i eoliczną, wzrastający w wyniku budowy nowych dróg ruch samochodowy oraz wciąż niezrealizowane plany utworzenia nowej elektrowni wodnej i zbiornika zaporowego w południowej części rezerwatu. Na niewielką skalę prowadzony jest tradycyjny wypas owiec.
Flora i fauna thumb|left|Gęś krótkodzioba w Wielkiej Brytanii (2019) Na terenie rezerwatu Þjórsárver wykazano występowanie 663 gatunków roślin wyższych (m.in. turzyce , Carex rostrata i , trzcinnik prosty Calamagrostis stricta, rzęśl jesienna Callitriche hermaphroditica, rdestnica alpejska Potamogeton alpinus i rdestnica nitkowata Stuckenia filiformis), mchów (m.in. i ) i porostów.
Żyją tu 244 gatunki stawonogów, bogata jest również awifauna, którą reprezentuje 47 gatunków ptaków, w tym 27 gatunków gniazdujących, z czego 5 znajduje się na liście gatunków zagrożonych. Rezerwat pozostaje jednym z największych obszarów lęgowych gęsi krótkodziobej (Anser brachyrhynchus) na terenie Islandii. Niegdyś prawie 70% światowej populacji tego gatunku gniazdowało w Þjórsárver, w ciągu kilkudziesięciu lat odsetek ten spadł jednak do 10–15%.