Małżonkowie tym samym poszli śladem wielu innych przedstawicieli filipińskiej elity intelektualnej i politycznej, którzy po wybuchu antyhiszpańskiego powstania w pewnym momencie wybrali drogę czasowej politycznej emigracji. Zamieszkali w dystrykcie Wan Chai. Ich dom szybko stał się ważnym miejscem spotkań filipińskich uchodźców.
Powstanie filipińskiej flagi Właśnie w Hongkongu w maju 1898 Emilio Aguinaldo, polityk stojący na czele filipińskiego rządu rewolucyjnego poprosił Agoncillo o uszycie flagi państwowej wykonanej według jego własnego projektu. Każdy element tej flagi miał nieść ze sobą określone przesłanie. Biały trójkąt symbolizował zatem równość. Niebieski pas odnosił się do pokoju, prawdy oraz sprawiedliwości, czerwony natomiast miał reprezentować patriotyzm oraz odwagę.
Kobieta zakupiła niezbędny jedwab i w ciągu pięciu dni stworzyła ów symbol narodowy. Pomagały jej najstarsza córka Lorenza oraz Delfina Herbosa de Natividad, siostrzenica Jose Rizala. Agoncillo osobiście wręczyła gotową flagę Aguinaldo. Ten zaś zabrał ją ze sobą na Filipiny. Po raz pierwszy wykorzystano ją po zwycięskiej dla wojsk filipińskich bitwy pod Alapan z 28 maja 1898.