Niemniej jednak niepokoje na terenach przygranicznych trwały nadal.
Po nieudanym zamachu stanu, druga faza powstania rozpoczęła się 17 września od działań Sudetendeutsches Freikorps, paramilitarnej organizacji Niemców sudeckich utworzonej w Niemczech. Jej zadaniem było kontynuowanie walki i przeprowadzanie aktów terrorystycznych. Zgodnie z deklaracją czechosłowackiego rządu na uchodźstwie z 1944 roku, Czechosłowacja znajdowała się w stanie wojny z III Rzeszą od 17 września 1938 roku. Po licznych strzelaninach 20 i 21 września rebelia rozgorzała ponownie 22 września, gdy wybuchły zamieszki także na Morawach i Śląsku Cieszyńskim. W niektórych przypadkach oddziały niemieckiej Abwehry, SA i SS otwarcie brały udział w akcjach bojowych, terrorystycznych i sabotażowych.
Władze czechosłowackie odpowiedziały, zabezpieczając granicę z Niemcami. Mobilne jednostki armii wzmocnione lekkimi czołgami LT vz. 35 i samochodami pancernymi przywróciły porządek w Chebie, Frýdlancie, Šluknovie czy Varnsdorfie, co doprowadziło do spadku aktywności powstańczej. Obawiając się odwetu ze strony rządu czechosłowackiego, wielu Niemców sudeckich uciekło przez granicę do Niemiec. Po nasileniu żądań Hitlera, 23 września przeprowadzono mobilizację armii czechosłowackiej.