W 1580 Jerzy Nadelwicz Kręski zapłacił od 4 łanów ziemi, po 6 groszy od 9 zagrodników, po 8 groszy od 2 komorników, 4 grosze od jednego zagrodnika, a także 4 grosze od pasterza wypasającego 80 owiec, 6 groszy od kowala z kęsem roli.
W XVI wieku stała się ważnym ośrodkiem braci polskich, a właściciel majątku Jerzy Nadlewicz Kręski organizował w miejscowym kościele synody braci polskich. Po wypędzeniu braci polskich z Polski (1658 r.) Bobowicko przeszło na własność rodu von Seydlitz, następnie von Kalckreuth i do 1945 roku – DziembowskichMiędzyrzecz i okolice, pod. red. T. Łuczak i D. Matyaszczyk, Międzyrzecz-Gorzów Wlkp. 1998, s. 177..
Miejscowość w 1580 roku była wsią szlachecką odnotowaną jako Bobowieczko i położona była w powiecie poznańskim województwa poznańskiego w Rzeczypospolitej Obojga NarodówAdolf Pawiński, Polska XVI wieku pod względem geograficzno-statystycznym, t. I, Wielkopolska, Warszawa 1883, s. 22..
W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Bobowicko. W latach 1975–1998 wieś administracyjnie należała do województwa gorzowskiego.