Uwarunkowanie geograficzne Położenie Bochotnica położona jest w zachodniej części Płaskowyżu Nałęczowskiego, na Wyżynie Lubelskiej, tuż przy granicy z Niziną Mazowiecką. Położona jest u wylotu doliny rzeki Bystrej (o długości 35 km) do doliny Wisły (Małopolski Przełom Wisły). Wieś od 1979 wchodzi w skład Kazimierskiego Parku Krajobrazowego. Oddalona jest o 10 km od Puław, 3 km od Kazimierza Dolnego, 22 km od Nałęczowa i 42 km od Lublina. Historycznie położona jest w Małopolsce, w ziemi sandomierskiej.
Bochotnicki odcinek Małopolskiego Przełomu Wisły należy również do obszaru chronionego Natura 2000 „Przełom Wisły w Małopolsce” (na odcinku Annopol – Puławy).
Warunki naturalne thumb|left|Wąwóz w Bochotnicy, tzw. droga na Brzeziny Bochotnica i jej okolice zaliczane są do obszarów o najwyższym współczynniku rozcięcia formami erozji wąwozowej w Europie. Ich gęstość przekracza miejscami 10 km/km². Do tak wzmożonego rozwoju labiryntu wąwozów doszło dzięki obecności grubej pokrywy miękkich oraz podatnych na działanie wód opadowych i roztopowych lessów. W 1986 zespół pod kierunkiem prof. Mariana Harasimiuka z UMCS w Lublinie opracował projekt rezerwatu geologiczno-florystycznego.