Po śmierci księcia Jana (1390–1428), ostatniego Piasta z linii ziębickiej, w 1428 miasto przeszło w ręce czeskie. Odbudowywało się ono długo i powoli na podstawie nowo nadanych praw w 1434 przez rodzinę Donynów. W tym samym roku po raz pierwszy wzmiankowana była kopalnia węgla kamiennego w mieście. W 1457 miasto uzyskało przywilej eksportu płótna, sukna i wyrobów z nich przygotowanych. Nowa Ruda w 1472 przeszła pod władanie Jerzego Stillfrieda, jednego z rycerzy króla Czech, Jerzego z Podiebradów. Jerzy Stillfried zaślubił także Annę von Donyn, splatając w ten sposób dzieje miasta i swojej rodziny na trzy kolejne wieki. Wiek XVII zapisał się w historii miasta najazdem gen. hrabiego w 1622. Z racji tego, iż Bernard I Stillfried i jego syn Henryk byli orędownikami wyznania protestanckiego, miasto zostało zniszczone w czasie wojny trzydziestoletniej (1618–1648). Uwięzieni Stillfriedowie nawrócili się jednak na katolicyzm, w efekcie czego odzyskali wolność i prawo do dóbr noworudzkich. Miasto w 1742 zostało włączone do Prus, wskutek nabycia ziemi kłodzkiej przez króla Prus Fryderyka II. Stillfriedowie w ciągu następnych lat stali się właścicielami ⅓ obszaru ziemi kłodzkiej. Jednakże w 1810 Nowa Ruda wraz z przyległościami przeszła na własność rodziny von Magnisów.