W latach 1938–1939, za sprawą ojca Carla Junacka uzyskał praktyki w Ministerstwie ds. Zakładu Leśnego w Gartowie. Praca na tym obiekcie leśnym stała się podstawą jego późniejszej pracy w tym mieście. Doświadczenie, które zdobył już podczas normalnej pracy, dało mu czas na dogłębne studia historyczne w wieloletnich dokumentach gospodarki w lasach Gartow. Na tej podstawie, we współpracy z ojcem Carlem Junackiem, powstała obszerna historia lasów Gartow, która rejestruje historię każdego pojedynczego drzewostanu i jego użytkowania od 1897 roku, oceniając istniejące mapy, składowiska i plany kulturowe.
W połowie 1939 roku objął kierownictwo leśnictwa w miejscowości Hoyerswerda o powierzchni 10 000 ha. Następnie musiał odbyć służbę wojskową w latach 1939–1940 w związku z wybuchem II wojny światowej.
Po głównym egzaminie państwowym leśnym w kwietniu 1941 roku dołączył do ojca w służbie rodziny von Bernstorff w Gartow jako asesor leśny, zanim został powołany do wojska. Hermann Junack odniósł poważną ranę ręki, ramienia oraz barku i na początku listopada 1942 roku został zwolniony z frontu wschodniego w Rosji do Gartowa. Tam pracował wspólnie nad dalszym rozwojem gospodarki leśnej aż do śmierci ojca w 1943 roku.