Działalność kliniczna i publikacyjna Dorobek naukowy prof. Tomasza Szczepańskiego obejmuje ponad 300 publikacji w czasopismach polskich i międzynarodowych, w tym ponad 150 artykułów w recenzowanych czasopismach indeksowanych w bazie Medline. Łączny Impact Factor czasopism, w których ukazały się te publikacje, przekroczył 1120. Współczynnik Hirscha prof. Tomasza Szczepańskiego wynosi 45 (wg Web of Science Core Collection), a jego publikacje były cytowane ponad 8500 razy. Był promotorem 12 doktoratów.
Najważniejsze osiągnięcia naukowe Badania nad rearanżacjami genów immunoglobulin i receptorów limfocyta T w ostrej białaczce limfoblastycznej (ALL) u dzieci. Badania nad biologią i optymalizacją leczenia ALL u niemowląt – główny badacz w Polsce badań INTERFANT’99 i INTERFANT’06. Badania nad nowoczesną cytometrią przepływową w szybkiej diagnostyce i monitorowaniu nowotworów układu krwiotwórczego – główny badacz w Polsce w ramach konsorcjum EuroFlow. Wprowadzenie nowoczesnej wielokolorowej cytometrii przepływowej do monitorowania leczenia ALL u dzieci. ERA-NET PRIOMEDCHILD: ocena skuteczności leczenia ostrej białaczki limfoblastycznej u dzieci poprzez monitorowanie minimalnej choroby resztkowej metodą 8-kolorowej cytometrii przepływowej. Personalizacja leczenia ostrej białaczki limfoblastycznej u dzieci w Polsce (akronim