W roku 1783 klasztor został zlikwidowany przez Austriaków na mocy wydanej rok wcześniej tzw. kasaty józefińskiej, która znosiła prawie wszystkie zakony niezajmujące się szkolnictwem, nauką lub opieką nad chorymi. Mnisi przenieśli się do Lwowa, cenne wyposażenie klasztoru wywieziono do Wiednia, a klasztorne dobra zostały skonfiskowane i rozsprzedane. W budynkach klasztoru władze utworzyły sąd i więzienie kryminalne, zaś kościół klasztorny zamieniono na więzienną kaplicę. W 1786 r. Ewaryst Andrzej, hr. Kuropatnicki z żalem notował w swym "Opisaniu królestw Galicyi i Lodomeryi": ...tu był bardzo bogaty klasztor XX. Karmelitów bosych, kościół przy nim sławny z grobów książęcych, trumnami srebrnemi, cynowemi, mauzoleami marmurowemi, ozdobnemi, w których grobach z nadanych funduszów nabożeństwo się odprawiało. Kościół wierzchni w marmury i przedziwnie drogie obrazy, które ztąd do wiedeńskich galeryi zawieziono, był ozdobny klasztor na kształt fortecy, murem, fosami, z kanałami zarybionemi na posty Karmelitów był obwiedziony;