Sezon 2018/2019 Dzięki zwycięstwom nad Rickym Waldenem, Alexandrem Ursenbacherem, Ding Junhui i Markiem Kingiem Yuan dotarł do swojego pierwszego ćwierćfinału w China Championship, gdzie przegrał z numerem jeden na świecie, Markiem Selbym. Przez kolejne miesiące robił stałe postępy, pokonując takich zawodników jak Mark Allen i Kyren Wilson. W turnieju German Masters pokonał czterokrotnego mistrza świata Johna Higginsa 5–4 na ostatniej czarnej bili, co wywołało pewne kontrowersje, ponieważ bila biała dotknęła pozostałych (faul) po tym, jak zawodnicy uścisnęli sobie dłonie.
Dobre wyniki Yuana w pierwszej połowie sezonu 2018/19 pozwoliły mu znaleźć się w czołowej 32. w rankingu jednorocznym, kwalifikując się tym samym do World Grand Prix w Cheltenham. Pokonał mistrza świata Marka Williamsa 4–3 i Stephena Maguire’a 4–2, docierając tym samym do swojego drugiego ćwierćfinału, w którym przegrał ze swoim współlokatorem Xiao Guodongiem 5–4.
Tuż przed swoimi 19. urodzinami Yuan poczynił niezwykłe postępy w sezonie 2018/19.