Od lipca 1941 był sędzią sądu polowego przy komendanturze warszawskiej, następnie został mianowany sędzią sądu wojennego. 12 października 1944 Adolf Hitler mianował go wyższym sędzią sztabowym, a mianowanie zatwierdzono w głównej kwaterze führera. Był odpowiedzialny za skazywanie przeciwników III Rzeszy.

W maju 1945 zamieszkał z rodziną w Gütersloh w Westfalii. W listopadzie 1948 trybunał w Bielefeld wszczął przeciwko Weidlowi postępowanie o „członkostwo w organizacji uznanej za przestępczą”. Weidel w piśmie do prokuratora Wagnera twierdził, że politycznie był „tylko nieznacznie aktywny”, i że członkiem NSDAP i SS został dopiero wiosną 1933. W rzeczywistości członkiem tych formacji został przed dojściem Hitlera do władzy, a w okresie nazistowskim deklarował lojalność wobec NSDAP: „Jeszcze przed wyborami we wrześniu 1930 r. i nieprzerwanie po nich głosowałem na narodowych socjalistów i zawsze aktywnie wspierałem ten ruch w propagandzie wyborczej”. Na przesłuchaniu w 1948 Weidel zaprzeczał, że wiedział o prześladowaniu ludności żydowskiej przez władze nazistowskie i o zbrodniach popełnionych przez SS, czym przekonał prokuratora do umorzenia postępowania.