Krytyka prawna i humanitarna Organizacje praw człowieka, w tym Oxfam, , Amnesty International i Save the Children, skrytykowały porozumienie w liście otwartym, twierdząc, że stworzy ono „okrutny system”. Ponad 200 naukowców z 66 europejskich uczelni określiło Pakt jako „nieludzki” i wezwało Parlament Europejski oraz Radę do ponownego rozpatrzenia.
W ocenie Human Rights Watch z czerwca 2026 Pakt podważa prawo do azylu, ułatwiając pośpieszne rozpatrywanie wniosków w skróconych procedurach granicznych oraz zwiększając zakres i długość detencji, a możliwość odsyłania wnioskodawców do „bezpiecznych krajów trzecich” służy raczej przerzucaniu odpowiedzialności niż zapewnieniu skutecznej ochrony. Krytycy z tego nurtu wskazują, że standaryzacja i przyspieszenie procedur granicznych, w tym krótkie terminy odwołań, mogą obniżyć jakość decyzji azylowych i zwiększyć ryzyko naruszenia zasady non-refoulement.